El Instituto Nacional del Tórax se define como autogestionado en red de alta complejidad desde enero del 2007.  Los establecimientos autogestionados en red corresponden a los establecimientos asistenciales de mayor complejidad técnica, desarrollo de especialidades, organización administrativa y número de prestaciones, que hayan sido debidamente certificados por las autoridades, conforme a los procedimientos correspondientes.

Estos establecimientos deberán contar con procedimientos de medición de costos, de calidad de las atenciones prestadas y de satisfacción de los usuarios.

Para el cumplimiento de sus fines y funciones, los establecimientos autogestionados cuentan con una amplia gama de atribuciones, radicadas en su director, de modo de permitirles, desde el punto de vista funcional, una administración adecuadamente autónoma (desconcentrada).